Членовете на Общото събрание се избират от учените, заемащи длъжности в академичните институти. Общото събрание приема и изменя устава на БАН, избира председателя и заместник-председателите, главния научен секретар и членовете на Управителния съвет на БАН.

Управителният съвет подготвя и предлага решения, засягащи дейността на Академията пред Общото събрание; избира директорите на постоянните научни звена, организира периодично атестиране на самостоятелните научни звена и общоакадемичното международно сътрудничество.

Председателят организира и ръководи изпълнението на общоакадемични задачи и се разпорежда с бюджета на БАН, съобразно с решенията на Общото събрание. Заместник-председателите, главният научен секретар и научните секретари подпомагат председателя в дейността му.

Съветът на настоятелите на БАН контролира разходването на бюджетната субсидия, съгласува финансовата политика на Академията и осъществява контрол на начина и на реда на стопанисване и разпореждане върху предоставеното от държавата в собственост на БАН имущество.